林益世案進入大法庭的第一個爭議是，貪污治罪條例收賄罪，就民意代表這種沒有明確法定職務權限的情形，應該採取實質影響力說，還是法定職權說，前一篇介紹的是這個範圍。
第二個爭議則是圖利罪的「違背法令」，應該怎麼認定，這篇來講圖利罪的部分。
圖利罪有兩種，「主管或監督」或「非主管或監督」圖利罪，分別規定在貪污治罪條例第6條第1項第4跟5款，法定刑都是5年以上。舊法時代的圖利罪規定的是：對於主管或監督（非主管或監督）之事務，明知違背法令，直接或間接圖自己或其他私人不法利益，因而獲得利益者。
即便自己沒有收取利益，只要違背法令，圖利他人，也會構成圖利罪。將較於收賄罪，圖利罪的法定刑較輕，屬於5年以上有期徒刑。由於舊法時代規定的「法令」界限何在，產生許多疑義。後來2009年修法時，將「法令」改成「法律、法律授權之法規命令、職權命令、自治條例、自治規則、委辦規則或其他對多數不特定人民就一般事項所作對外發生法律效果之規定」，也就是說公務員必須是違背「對外發生法律效果的規定」，才是圖利罪所要規範的行為。
當時修法時，立法理由寫著：貪污治罪條例第6條公務員圖利罪條文中所指之「法令」，應限縮適用範圍，以與公務員之職務具有直接關係者為限，以達公務員廉潔及公正執行職務信賴要求外，更避免原條文及有關「違背法令」的範圍不明確，致使公務人員不敢勇於任事，延滯行政效率的不良影響。爰將「明知違背法令」的概括規定修正為「明知違背法律、法律授權之法規命令、職權命令、自治條例、自治規則或委辦規則或其他對多數不特定人民就一般事項所作對外發生法律效果之規定」，以杜爭議。
問題來了，高院認為林益世假借立法委員職務所具有對經濟部選派民營公司高層人士的間接影響力的權利及機會，以恫嚇的方式迫使兩家公司同意和廠商締結契約，廠商獲得承受契約的不法利益，違背了公務人員利益衝突迴避法第12條規定：「公職人員不得假借職務上之權力、機會或方法，圖其本人或關係人之利益。」
利益衝突迴避法第12條的這個規定，算不算是圖利罪中所規定的「法令」？
否定的見解認為從圖利罪修法的過程中可以知道，對「法令」的解釋，應該限縮適用範圍，以與公務員之職務具有直接關係為限，不包括一般道德性、抽象性或或與職務無直接關係的義務法令。「利益衝突迴避法」第12條的規定，算是一般規範，不是公務員具體執行職務時，應該遵守的特別規定，和民意代表的職務不具備「直接關係」。
不過這個法律問題送進大法庭後，採取的是肯定說，認為民意代表違背「利益衝突迴避法」第12條算是圖利罪中所講的「違背法律」，理由包括：
第一，公務員違背「利益衝突迴避法」的規定，是有罰鍰的，不是只有內部懲處而已。
第二，從「利益衝突迴避法」第12條的立法理由可知，這個條文是「義務性道德」，而不是「期待性道德」。民意代表是公職人員，第12條是民意代表假借職權機會、方法圖利之禁制，建立民意代表利益衝突迴避之規範。所以，民意代表如果違反這條規定「假借職務上之權力、機會或方法」，就等同是圖利罪規定的違背法律，也就會構成5年以上的「非主管或監督」圖利罪。
但這樣不就跟當年立法理由講的對「法令」的解釋，應該限縮適用範圍，以與公務員之職務具有「直接關係」為限，背道而馳？不能「假借職務上之權力、機會或方法」是所有公務員都要遵守的，並不是跟某一項職務具有「直接關係」。
大法庭的邏輯是，圖利罪分兩種：「對主管或監督事務圖利罪」，跟「對非主管或監督事務圖利罪」。立法理由講的要「跟職務直接相關」，對應到的是「對主管或監督事務圖利罪」。「對非主管或監督事務圖利罪」，因為本來就不是「主管或監督事務」，也就不會有跟職務直接相關的法令存在。
但不管構成的是「對主管或監督事務圖利罪」或「對非主管或監督事務圖利罪」，其實法定刑一樣都是5年以上。關於這個問題，大法庭本案參與鑑定的兩位學者專家許恒達跟謝煜偉教授採取的都是否定說。
謝煜偉教授的鑑定書提到「利益衝突迴避法」第12條的規定跟貪污治罪條例「非主管或監督事務圖利罪」的規定雷同，如果可以拿「利益衝突迴避法」第12條來作為「非主管或監督事務圖利罪」規定的違背法令，那就陷入循環論證，架空以「法令違背」作為條文不法內涵重心的意義。
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