起訴的時候，依照被告是否羈押中，程序上會有不一樣的做法。如果，被告還是自由之身，在現行的刑事訴訟中，在檢察官完成送閱程序後，書記官會將蓋印好大印的起訴書連同卷宗，移送給法院，扣案的證物也會從檢方的贓證物庫，進入院方的贓證物庫。當院方收到起訴書跟卷宗後，進入分案程序，交給承審的受命法官，等到受命法官閱卷後，再通知檢察官與被告開庭。

但如果被告當時羈押中，程序就會稍有不同。書記官必須把人犯、起訴書跟卷宗，一併送給法院，此時檢察官會開一張提票，把人犯從看守所中提出來，把人跟卷都交給法院。法院收案後，馬上就要分案，並且把案件交給受命法官開庭，決定是要把人放掉、交保責付、限制出境出海，還是繼續羈押，這個程序稱為人犯移審。

回到國民法官審理的情況。

人犯移審時，國民法官還沒選出來，收到案件的是職業法官合議庭。但如前面提到的，國民法官採取卷證不併送制，每一份證物都要在法庭上進行調查，承審法官非不得已，原則上不能接觸卷宗與證物。

但收案的法官必須決定押，還是放，羈押的第一個要審查的要件就是犯罪嫌疑重大，沒有看過卷宗與證物，是沒有辦法判斷犯罪嫌疑是否重大的。但看完卷宗與證物，卻又和卷證不併送的制度目的相違背。

那該怎麼辦呢？

國民法官法第44條規定：

（第1項）於起訴後至第一次審判期日前，有關強制處分及證據保全之事項，由未參與本案審理之管轄法院法官處理之。但因管轄法院法官員額不足，致不能由未參與本案審理之法官處理時，不在此限。

（第2項）前項但書情形，法官不得接受或命提出與該強制處分審查無關之陳述或證據。

國民法官法的做法是，換一個法官來做強制處分，這個法官不要成為後面的合議庭成員，由這位法官看卷、決定強制處分、證據保全等相關事情，再交接給之後要審理的法官。但之後要審理的法官，就只能看起訴書，而不能接觸卷宗跟證物。

不過，還是有個例外，當法院實在太小的時候，比如澎湖、金門、連江這些小法院，所有的法官都參與可能才剛好組成合議庭的人數，撥不出人來單獨處理強制處分，第44條第1項但書就提到這個例外，但因為這位法官後續還要審理國民法官的案件，因此第2項規定，在這種情況下，法官不得接受或命提出與該強制處分審查無關之陳述或證據，算是一個妥協。